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細菌是由水、蛋白質、碳水化合物、脂肪和無機物等復雜化合物構成的一種凝聚態介質。微波殺菌是微波的熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變性，使細菌失去營養、繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布、影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細菌結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，決定細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的（RNA）和（DNA），是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲形大分子。足夠強的微波場可以導致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而使細菌死亡。微波殺菌正是利用了電磁場的熱效應和生物效應對生物的破壞作用。因此，微波殺菌溫度低于常規方法。一般情況下，常規方法殺菌溫度要120℃~130℃，時間約半小時以上；而微波殺菌溫度僅要70℃~105℃，時間約90~180秒。

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